Los orígenes de la Universidad de Los Andes se remonta al año de 1785, cuando Fray Juan Ramos de Lora, primer obispo de Mérida, funda en esta ciudad una casa de educación para los jóvenes con vocación por la carrera sacerdotal donde se les impartiría clases de religión, lengua latina y moral. Dos años después esta casa fue convertida en Seminario Tridentino y en 1789 se le dio el título de Real Colegio Seminario de San Buenaventura. En 1806, ya consolidado el instituto, el rey Carlos IV lo autoriza para conferir grados mayores y menores en Filosofía, Teología y Cánones, como si fuera una universidad, aunque no le otorga tal categoría.
El 21 de septiembre de 1872 el Presidente Antonio Guzmán Blanco decreta la extinción de los Seminarios en todo el territorio venezolano y la entrega de sus bienes a las escuelas de artes y oficios que se establezcan. Al entregar el Seminario en 1875 el edificio donde funcionaba, la Universidad de Mérida tuvo que desalojar y mudarse a otro inmueble, pero en 1877 el gobierno del General Francisco Linares Alcántara ordena el retorno de la Universidad a su antigua sede la cual le es traspasada definitivamente.
El 24 de septiembre de 1883, estando de nuevo Guzmán Blanco en la presidencia de la República ordena la venta de todos los bienes de la Universidad de Mérida, con lo cual ésta se arruina y pasa a depender completamente del presupuesto del Estado. En esa misma fecha el gobierno le cambia el título a la Universidad de Mérida por el de Universidad de Los Andes. En 1904 el gobierno del General Cipriano Castro le da la denominación de Universidad Occidental y en 1905 se le restituye, ahora sí definitivamente, su denominación actual de Universidad de Los Andes.